Programvara (källkod) för simulering av DNAs evolution
27 inlägg
• Sida 2 av 2 • 1, 2
av rhodochrosite » 2008-09-24 1:49:16
Inte riktigt vad som efterfrågades, men breve (jo, det skrivs utan versal) är ett trevligt verktyg för liknande ändamål.
Jag lekte med ett medföljande program som skulle lära sig gå genom att med "genetiskt bestämda" variabler röra sig på olika sätt med benen, registrera vilket sätt som gav längst tillryggalagd sträcka per tidsenhet, och sen välja de genuppsättningar med bäst resultat för "parning" inför nästa generation, tillsammans med en liten slumpfaktor för att simulera mutationer.
breve hittar man här:
http://www.spiderland.org/
Jag lekte med ett medföljande program som skulle lära sig gå genom att med "genetiskt bestämda" variabler röra sig på olika sätt med benen, registrera vilket sätt som gav längst tillryggalagd sträcka per tidsenhet, och sen välja de genuppsättningar med bäst resultat för "parning" inför nästa generation, tillsammans med en liten slumpfaktor för att simulera mutationer.
breve hittar man här:
http://www.spiderland.org/
Senast redigerad av rhodochrosite 2011-05-04 15:50:49, redigerad totalt 1 gång.
- rhodochrosite
- Inlägg: 123
- Anslöt: 2008-09-20
- Ort: Gothamburg
av rdos » 2008-12-21 0:00:50
Har nu kommit en bit på vägen för att simulera det som krävs. Har bland annat fått till algoritmer för "partnerskompabilitet" som verkar fungera, liksom algoritmer för att värdera avkomman, som oxå verkar fungera.
Jag har oxå lagt till en export för faktoranalys som skriver ut antal matcningar med en referenssekvens för alla baspar.
Verkar väldigt svårt att få något annat än en enda axel med närmare 100% förklarad varians. Det behövs nog många fler baspar i simuleringen än antal variabler i faktoranalysen.
Jag har iaf lyckats få en egenskap som finns i Aspie-quiz data. Om man tar en population, delar den i två delar, och låter dessa delar divergera, och sedan slår ihop dem till en population igen, så får man de typiska kopplingarna mellan första och andra axeln. Problemet är bara att efter ett fåtal generationer så förloras det mesta av variansen, varpå man är tillbaka vid en enda axel igen. Att det fungerar så beror antagligen mest på att det saknas aktivt urval av relevanta baspar. Man måste antagligen välja ut enbart de relevanta basparen och mata ut dessa till faktoranalysen. Så länge det finns relevanta baspar så bör det inte spela någon roll om en massa mutationer förlorats genom genetisk drift.
Jag har oxå lagt till en export för faktoranalys som skriver ut antal matcningar med en referenssekvens för alla baspar.
Verkar väldigt svårt att få något annat än en enda axel med närmare 100% förklarad varians. Det behövs nog många fler baspar i simuleringen än antal variabler i faktoranalysen.
Jag har iaf lyckats få en egenskap som finns i Aspie-quiz data. Om man tar en population, delar den i två delar, och låter dessa delar divergera, och sedan slår ihop dem till en population igen, så får man de typiska kopplingarna mellan första och andra axeln. Problemet är bara att efter ett fåtal generationer så förloras det mesta av variansen, varpå man är tillbaka vid en enda axel igen. Att det fungerar så beror antagligen mest på att det saknas aktivt urval av relevanta baspar. Man måste antagligen välja ut enbart de relevanta basparen och mata ut dessa till faktoranalysen. Så länge det finns relevanta baspar så bör det inte spela någon roll om en massa mutationer förlorats genom genetisk drift.
Senast redigerad av rdos 2011-05-04 15:50:49, redigerad totalt 1 gång.
av rdos » 2008-12-21 20:56:30
Extremt beräkningstungt det här. Det tar 38 timmar på en modern två-kärne processor att skapa divergensen på 80.000 generationer med 15.000 baspar i två populationer med 500 individer i vardera. Blir väl lämpligt att starta detta på någon jobbdator under julhelgen, och spara alla individernas baspar när simuleringen är klar. Verkar ju inte direkt något man kör varje gång man ska testa olika typer av introgressionsmodeller.